Posiadam oryginał zaświadczeniu z banku z pieczątką i podpisem pracownika banku. Żeby wysłać to zaświadczenie jako podmiotowy środek dowodowy, muszę ten dokument zeskanować i podpisać podpisem elektronicznym?

tak.
EDIT. cyfrowe odwzorowanie dokumentu papierowego potwierdzone podpisem wykonawcy :)