Wykonawca w formularzu ofertowym nie wypełnił miejsca, że zastosował stawkę ...... % podatku VAT.
Podał cenę brutto za zrealizowanie zamówienia (tak jak chciał Zamawiający).
Zamawiający w SWZ wskazał, że Wykonawca zobowiązany jest w formularzu ofertowym do wskazania stawki podatku VAT obowiązującej w dniu złożenia oferty.

Co zrobić? Wezwać Wykonawcę do wyjaśnienia treści oferty, żeby wskazał jaką stawkę podatku VAT przyjął?

Tak, ja bym wyjaśniła. Tego typu wyjaśnienia nie zmieniają treści oferty, bo cena brutto nie ulega zmianie, a jedynie doprecyzowują treść oferty.