Czy faktura potwierdza, należyte wykonanie umowy (dostawę) i może zastąpić referencje?

Nie :) Faktura jest jedynie dokumentem rozrachunkowym. Nie stanowi dowodu zawarcia umowy ani jej wykonania, tym bardziej należytego wykonania, a o to chodzi w referencjach. Wystawcą faktury zazwyczaj jest Wykonawca, natomiast referencje wydaje Zamawiający.