Czy w przypadku jednego postępowania z podziałem na dwie części, jeśli dla jednej z części wpłynęły oferty, lecz dla drugiej nie jak to interpretować? Czy w takim przypadku należy unieważnić postępowanie?

To zależy - jeżeli dopuściła Pani w postępowaniu możliwość składania ofert na jedną lub więcej części to w tej, gdzie złożono ofertę proceduje Pani dalej - do wyboru oferty.
Część gdzie nie ma ofert można unieważnić.