Mam dwie oferty i będę chciała negocjować. Jeśli jednak w jednej ofercie dokument jest wadliwy (przedmiotowy środek dowodowy) i nie ma możliwości go uzupełnić, więc ta oferta będzie do odrzucenia, to negocjować mam z jednym? I nie informować go, że jest sam?

Zgodnie z art. 287 ust 3 pkt 2 informujesz wszystkich wykonawców o wykonawcach których oferty zostały odrzucone.
Jak najbardziej możesz negocjować z tym jednym.