Postępowanie zostało wszczęte przed wejściem nowelizacji pzp. Zgodnie z art. 16 ust. 1 ustawy o zmianie ustawy pzp z 22.06.2016 r. "Do postępowań o udzielenie zamówienia publicznego wszczętych i niezakończonych przed dniem wejścia
w życie niniejszej ustawy oraz do odwołań i skarg do sądu dotyczących tych postępowań stosuje się przepisy dotychczasowe." Jednak jaką podstawę prawną należy podawać wzywając wykonawcę o uzupełnienie dokumentów, wyjaśnienie rażąco niskiej ceny itd. skoro art. 26 ust. 3 ma obecnie zupełnie inne brzmienie, podobnie jest w przypadku art. 90 ust. 1. Czy podawać jako podstawę prawną np art. 26 ust. 3 ustawy z dnia 29 stycznia 2014 r. (tekst jednolity Dz. U. 2015, poz. 2164 z poźń. zm.) w związku z art. 16 ust. 1 ustawy z dnia 22 czerwca 2016 r. o zmianie ustawy prawo zamówień publicznych oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. 2016, poz. 1020).

W tych postępowaniach stosuje się przepisy oraz podstawy prawne obowiązujące przed dniem wejścia nowelizacji.
Dokładnie tak jak podajesz przykłady.