Wykonawca wysłał ofertę przez mini portal, podpis elektroniczny został złożony tylko na ePuap przy składaniu wniosku. Ściągnięty plik z ePuap nie zawiera podpisu elektronicznego. Podpisu elektronicznego nie zawierają również żadne dokumenty, które są dołączone do oferty. Czy oferta podlega odrzuceniu?

Niestety podpis na ePUAPie nie zastępuje podpisania dokumentów składanych do przetargu. Bardzo możliwe, że Wykonawca nie doczytał lub źle zinterpretował zapisy w Twoim SIWZ (w tym instrukcję do miniPortalu).
Sprawdziłabym, jeszcze jak jest opisane w SIWZ.
ePUAP pozwala na podpisanie wysyłanej paczki dokumentów, ale nie jest wymagany do prawidłowego złożenia oferty .
Z opisu wygląda, że oferta nie została podpisana.