Wykonawca w postępowaniu przetargowym (przetarg nieograniczony) na jedną z części wysłał ofertę w pdf-ie mailem. Co z tym zrobić? Termin składania ofert jeszcze nie upłynął, zatem czy najlepszym rozwiązaniem będzie zmodyfikowanie treści SIWZ i rezygnacja z tej części?

Nic podobnego, nie modyfikujesz SIWZ. Zapewne oferty należy składać na piśmie w zamkniętej kopercie. Jeżeli oferent złożył ją w innej formie jest to niezgodne z zapisami SIWZ i podlega odrzuceniu.